O Regulamento (UE) 2024/2895 impõe requisitos mais rigorosos para o controlo de Listeria monocytogenes em alimentos prontos para consumo (RTE, Ready-to-Eat). Os fabricantes têm agora de garantir que os níveis de L. monocytogenes nos produtos RTE não ultrapassam 100 UFC/g durante todo o período de vida útil do produto.

O Regulamento (UE) 2025/179, que tira partido dos recentes avanços nas técnicas de sequenciação de ADN e torna obrigatória, para os Estados-Membros da UE, a sequenciação do genoma completo (WGS, Whole Genome Sequencing) de isolados bacterianos coletados no âmbito de investigações epidemiológicas de surtos de origem alimentar. Os agentes patogénicos visados são Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni e Campylobacter coli. As autoridades nacionais competentes devem submeter os perfis genómicos obtidos por WGS ao sistema de WGS da Autoridade Europeia para a Segurança Alimentar (EFSA), o que permitirá uma melhor investigação dos surtos e a identificação das respetivas fontes.

No primeiro caso temos o Regulamento (UE) 2024/2895, que se foca na monitorização dos níveis de L. monocytogenes ao longo da vida útil de um produto RTE. Esta pode ser feita através de ensaios de desafio (challenge tests) em condições representativas de transporte e armazenamento ou recorrendo a modelos preditivos de risco microbiológico reconhecidos. Estas técnicas estão bem implementadas na indústria alimentar e nos laboratórios que prestam serviços de segurança alimentar.

Já o Regulamento (UE) 2025/179 centra-se na utilização de técnicas desenvolvidas recentemente, que só nos últimos anos ficaram ao alcance da indústria. Nas últimas décadas, as técnicas de biologia molecular registaram um desenvolvimento sem precedentes. Este percurso começou com o desenvolvimento da PCR, instrumento que permite a deteção seletiva de material genético de microrganismos específicos, e prosseguiu com a evolução das tecnologias de sequenciação de nova geração (NGS), que alargam as possibilidades de caracterização microbiológica e permitem obter informação detalhada sobre um microrganismo específico ou sobre o conjunto de microrganismos presentes numa amostra. As tecnologias NGS incluem a sequenciação do gene que codifica o RNA ribossomal 16S, destinada a caracterizar comunidades microbianas e a sequenciação do genoma completo (WGS), centrada na análise genómica detalhada de isolados específicos.

Estas técnicas fornecem informação diferente, mas também complementar, à das técnicas de microbiologia convencional. A informação combinada é útil para a validação dos processos de limpeza e desinfeção e para a sua otimização com base na ecologia microbiana do local de produção. Enquanto empresa de higiene focada em procedimentos de higiene baseados no conhecimento, a Christeyns tem trabalhado nos últimos anos na implementação de técnicas como a metagenómica e a sequenciação do genoma completo, no âmbito dos seus serviços de apoio à higiene.

Por um lado, a análise metagenómica identifica todos os microrganismos presentes numa amostra. Esta tecnologia baseia-se na sequenciação de uma região específica do ADN: o 16S, no caso das bactérias, e o ITS (Internal Transcribed Spacer), no caso dos fungos. Estas regiões do ADN têm zonas comuns a todas as bactérias ou fungos e zonas específicas de cada microrganismo. Graças à amplificação e sequenciação destas regiões genéticas, é possível caracterizar a comunidade microbiana presente numa amostra, independentemente de os microrganismos se encontrarem, ou não, num estado viável e cultivável.

Com a informação obtida, é possível, entre outros aspetos, detetar alterações e tendências na microbiota ao longo do tempo, identificar as zonas da unidade fabril com maior pressão microbiológica, estabelecer padrões de contaminação associados a determinadas zonas ou definir prioridades entre os pontos de controlo, de forma a otimizar as estratégias de higiene.

Por outro lado, a Sequenciação do Genoma Completo (WGS) lê o genoma completo de um microrganismo isolado, proporcionando um nível de precisão que facilita a comparação direta entre estirpes e a sua rastreabilidade no ambiente de produção.

Esta capacidade é especialmente interessante no estudo de contaminações recorrentes. Por exemplo, quando são analisados vários isolados de Listeria monocytogenes numa instalação de produção, é possível determinar se pertencem à mesma linhagem genética ou se correspondem a estirpes diferentes. A WGS permite ainda analisar características de interesse, como genes específicos associados à virulência, mecanismos de resistência ou formação de biofilme, bem como identificar fontes específicas de contaminação e rastrear as vias de dispersão na unidade fabril.

Enquanto empresa de higiene, a Christeyns tem estado sempre na vanguarda da adoção de novas tecnologias de análise microbiológica, integrando-as no sistema de monitorização NMC para a validação e verificação periódica dos protocolos de higiene nas instalações dos nossos clientes.

Tradicionalmente, este tipo de análise microbiológica segue uma abordagem reativa. Ou seja, centra-se na deteção de microrganismos específicos, de acordo com as diretrizes estabelecidas pela legislação, através da contagem em placa de microrganismos viáveis em meios de cultura seletivos. Um resultado positivo neste tipo de análise permite identificar fontes de contaminação microbiana e, consequentemente, adaptar os protocolos de higiene na indústria.

A utilização de tecnologias de sequenciação de ADN permite passar de uma abordagem reativa para uma abordagem preventiva na gestão da higiene. O objetivo passa agora por identificar possíveis fontes de contaminação na unidade fabril antes que estas deem origem a um resultado positivo para um microrganismo patogénico. Esta nova abordagem assenta na adoção das mais recentes tecnologias de sequenciação genómica, com o objetivo de caracterizar integralmente a ecologia microbiana ao longo de todo o processo produtivo. Permite identificar microrganismos que habitualmente não são monitorizados, por não constarem dos requisitos legais, mas que podem ser relevantes pelo seu potencial patogénico, poder de deterioração ou formador de biofilme. Permite também identificar estirpes específicas numa indústria, detetar fontes de contaminação invulgares ou determinar a sua origem. Esta abordagem permite otimizar os protocolos de higiene na indústria numa perspetiva preventiva.

Este avanço nas técnicas não significa substituir a cultura em placa, mas sim dispor de ferramentas complementares que podem ser selecionadas em função da questão microbiológica em estudo. Cada técnica fornece um nível de informação diferente e responde a perguntas distintas: a cultura quantifica os microrganismos viáveis; a PCR identifica especificamente microrganismos ou géneros microbianos; a metagenómica estuda a composição microbiana de uma amostra; e a WGS proporciona uma caracterização de alta resolução dos microrganismos isolados.

Esta complementaridade é especialmente relevante na investigação de contaminações recorrentes ou para determinar se diferentes resultados estão relacionados entre si.

O Metasafe é o serviço da Christeyns que engloba as técnicas de Metagenómica e de Sequenciação do Genoma Completo (WGS) implementadas no nosso laboratório de microbiologia, complementando a análise microbiológica por contagem em placa e por PCR.

As técnicas genómicas geram uma grande quantidade de informação, mas a sua utilidade depende de uma interpretação correta dos resultados no contexto de cada instalação. Na Christeyns, a análise dos dados genómicos é combinada com o conhecimento técnico e a experiência para definir estratégias de higiene mais precisas, baseadas em evidência científica e adaptadas ao comportamento dos microrganismos em cada instalação.

O potencial da sequenciação genómica faz desta tecnologia uma ferramenta transformadora, capaz de redefinir abordagens e gerar elevado valor em todos os setores onde a Christeyns opera, desde a indústria alimentar à indústria cosmética e ao cuidado têxtil.

Fonte: iAlimentar