Os problemas principias do ananás tropical derivam do uso inadequado dos sistemas de frio e devido à contaminação com bolores.
Um dos problemas associado ao ananás é a contaminação com bolores, nomeadamente por Penicillium funiculosum e Fusarium moniliforme, ocorrendo normalmente antes da colheita, o que preocupa especialmente, uma vez que o crescimento de bolores pode induzir a acumulação de micotoxinas.
O desenvolvimento de bolores no ananás provoca uma coloração negra, de consistência semi-dura e aquosa. As lesões manifestam-se quando o fruto já está maduro, etapa na qual as alterações estão bastante desenvolvidas e a polpa muito danificada, pelo que o fruto perde todo o valor comercial.
O ananás podem ser alterado mesmo depois da colheita, não só devido a inadequadas manipulações mas também devido a outros factores, os mais habituais são:
Excesso de exposição ao sol, que tem especial incidência sobre o conteúdo de ácidos L-málico e ascórbico, e por consequência a perda vitamínica.
Lesão pelo frio: dano típico dos produtos de origem tropical e subtropical, que se produz como consequência da exposição, durante o armazenamento, a temperaturas inferiores à sua temperatura crítica, a qual varia segundo cada fruto, e é distinta dos problemas associados à congelação.
No caso do ananás, esta sensibilidade às lesões pelo frio aumenta à medida que o processo de maturação é mais avançado.
Recomenda-se que o armazenamento seja efectuado a temperaturas entre 7,5 e 12º C e 70 a 90% de humidade.