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Uma equipa internacional de investigadores desenvolveu o RiSpy, um método computacional que combina informação genética e ferramentas estatísticas para identificar linhas de arroz obtidas por edição do genoma.
A abordagem, publicada na revista Briefings in Bioinformatics, procura tornar a identificação mais robusta e aplicável a diferentes variedades, incluindo aquelas que não estão representadas em bases de dados genómicas públicas.
A identificação de organismos obtidos através de novas técnicas genómicas (NTG) constitui um desafio para os laboratórios, sobretudo quando as alterações introduzidas no ADN são pequenas e não permitem, por si só, distinguir uma linha editada de outras plantas com alterações genéticas semelhantes.
Para responder a este desafio, investigadores do instituto belga Sciensano, da Universidade de Gante e de instituições francesas desenvolveram o RiSpy, uma abordagem que permite construir uma impressão digital genética específica para diferentes linhas de arroz editadas.
O estudo, publicado a 4 de maio de 2026 na revista científica Briefings in Bioinformatics, foi assinado por Amin Zolfaghari, Marie-Alice Fraiture, Kevin Vanneste, Arno Stuyts, Julien Frouin, Anne-Cécile Meunier, Dieter Deforce, Nancy H. C. Roosens e Jolien D’aes.
Uma impressão digital baseada no genoma
O método combina dados de sequenciação do genoma completo com ferramentas de bioinformática e seleção estatística de características genéticas. A partir dessa informação, os investigadores selecionam uma combinação de marcadores que permite distinguir uma linha editada de outras linhas de arroz.
A estratégia integra a localização da alteração genética introduzida pela edição e marcadores genéticos específicos da variedade. Estes últimos ajudam a identificar o contexto genético da planta, reduzindo o risco de atribuir uma alteração comum a uma linha específica.
Uma das melhorias introduzidas pelo RiSpy é a possibilidade de construir impressões digitais mesmo quando a variedade de arroz em causa não está incluída em bases de dados públicas, como a 3K Rice Genomes. O método também permite utilizar dados de sequenciação obtidos através das plataformas Illumina e Oxford Nanopore Technologies.
Resultados promissores, com limitações
Os investigadores avaliaram a abordagem utilizando duas linhas de arroz editadas geneticamente, pertencentes a variedades distintas, e vários conjuntos de dados genómicos disponíveis publicamente. Os resultados demonstraram capacidade para identificar as linhas estudadas com robustez e especificidade, sustentando o potencial da abordagem para ser aplicada a um maior número de linhas.
No entanto, os resultados não significam que o método possa identificar automaticamente qualquer produto obtido por edição genética. A identificação depende da disponibilidade e qualidade dos dados genómicos, da seleção adequada dos marcadores e da validação do procedimento para as linhas que se pretende analisar.
A demonstração experimental em duas linhas de arroz também não equivale a uma validação universal para outras culturas ou para todos os tipos de alterações genéticas. Será necessário avaliar a aplicabilidade da abordagem a um conjunto mais amplo de variedades e espécies, bem como a sua utilização em diferentes contextos analíticos.
Contributo para a rastreabilidade dos produtos obtidos por NTG
O RiSpy constitui um avanço metodológico na investigação de ferramentas destinadas a identificar produtos obtidos por edição genética. A possibilidade de criar impressões digitais genéticas específicas poderá contribuir para a rastreabilidade, para a proteção da propriedade intelectual e para o desenvolvimento de métodos de controlo adequados às características dos produtos analisados.
O trabalho integra-se nos objetivos do projeto europeu DARWIN, que procura desenvolver estratégias de deteção e identificação de produtos vegetais obtidos através de novas técnicas genómicas.
A investigação demonstra que a análise do genoma completo, combinada com métodos computacionais, pode ajudar a ultrapassar algumas das dificuldades de identificação de linhas editadas. A sua aplicação generalizada dependerá, contudo, de validação adicional e da disponibilidade de informação genética apropriada.
Consultar o artigo científico original.
Conhecer o projeto europeu DARWIN.
Fonte: Centro de informação de biotecnologia
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